在7世纪后期，基督教与阿拉伯人发生冲突时，希腊佩加蒙卫城上的建筑物（包括宙斯祭坛）被拆除，为防御工程提供了石料。716年，该市被阿拉伯人暂时占领，然后被废弃。在12世纪重新定居后，后来被土耳其人占领。在接下来的八个世纪中，许多欧洲探险家，艺术收藏家和旅行者都参观了佩加蒙祭坛，其中包括：法国古典学者孔德·德·库苏伊尔·古菲尔（Comte de Choiseul-Gouffier），英国建筑师查尔斯·科克雷尔（Charles Cockerell），德国考古学家奥托·冯·斯塔克伯格（Otto von Stackelberg）还有德国古物奥托·弗里德里希·冯·里希特（Otto Friedrich von Richter）。

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        普鲁士工程师卡尔·赫尔曼（Carl Humann，1839-96年）于1864年首次访问了佩加蒙，随后几年又多次回国。他极力主张保护希腊该市雅典卫城的文物古迹，当地居民将其用作采石场，当地居民也将大理石雕塑分解以获得建筑材料。

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        最终，在柏林古典主义者恩斯特·柯蒂乌斯（Ernst Curtius）和柏林雕塑收藏总监亚历山大·康兹（Alexander Conze）以及德国政府渴望与英国实现文化平等的德国政府的支持性干预下，赫尔曼（Humann）挖掘了希腊佩加蒙祭坛两处主要位置（ 1879年和1904年），并获得奥斯曼帝国当局的同意。